在一起了。遇到了樱，后来5名女主要合力让樱穿越了，他们毕业后，都各自回国了，立夏和芳乃清隆，一起回到初音岛并结婚了，2人共同种子永不凋零的樱花树。

总的来说第三季和前两集之间没太多联系，一二季之间就有联系，第二季时间背景是在第一季结束后的53年后，主角是樱内义之、朝仓音姬、朝仓由梦，音姬和由梦是姐妹，是第一季主角朝仓纯一与朝仓音梦的孙女，第三季的时间背景是第二季的20多年后，主角们和前两季的人物没有血缘关系，里面唯一和前两季有关联的人物就是芳乃樱，里面芳乃樱是穿越来的，失忆了，樱是芳乃清隆和森园立夏前世的孙女。而现在的芳乃清隆和森园立夏已经算是转世了

TV动画已经完成的有： 初音岛（D.C.）共26集 初音岛第二季（D.C.S.S）共26集 初音岛2（D.C.II）共13集 初音岛2第二季（D.C.II.S.S）一共13集。

动画观看顺序：

1、《初音岛》2003年7月5日

2、《初音岛 S.S.》2005年7月2日

3、《初音岛II》2007年10月1日

4、《初音岛II S.S.》2008年4月5日

5、《初音岛Ⅲ》2013年1月5日

按顺序观看即可。

樱的出现时故事发展的主线，就是樱第一集中那个 短信有关， 没有樱那个谜团是无解的~~~ 顺便剧透一下~~ 樱是从以前穿越过来的，男主芳乃清隆和 森园立夏前世 就是樱的爷爷和奶奶