17岁的肖恩·安德森（乔什·哈切森饰）意外从一个神秘的岛屿上收到了一个遇难者的求救信号，可是当他查看地图的时候，才惊讶地发现那个位置上根本就没有什么海岛，而是一片完全空白的海 域。

随着肖恩还是不断地收到来自于同一方位的SOS信息，刚刚成为他的继父的汉克·帕森斯决定加入他寻求答案的行列，他们一起来到了南太平洋，然后进入了一片几乎没有人知道的区域。这是一座拥有着令人惊叹的美的小岛，展现出的是一种异常奇异且极具威胁性的生态环境，在火山和黄金山的背后，则隐藏着不只一个令人惊叹的大秘密。与肖恩、汉克一起的还有盖巴托，因为他是惟一一个愿意冒险踏上这次未知的旅程的直升机飞行员，随行的是盖巴托那美丽且意志坚强的女儿卡拉妮，他们决定出发去寻找这座不被人所知的小岛，然后解救岛上的那位孤独的人类求救者以及数不清的宝藏。同时，他们还得在地震引发的毁灭性的冲击抵达之前，离开那里，否则他们的命运将会和这片土地一样，永远地葬身海底。

地心游记神秘岛2的结局是极其令人期待的。在一次离岛的探险中，主人公们发现了一个巨大的地底洞穴，里面充满了宝藏和神秘的生物。然而，他们也意识到这个岛屿并非友好之地。

在生死悬殊的战斗中，主人公们侥幸脱逃，但不幸的是，他们失去了通往大陆的船只。然而，他们并没有放弃，发誓要再次回到神秘岛寻找离开之法。结局留下了一个重重悬念，让观众饱含期待，期望能看到主人公们再次踏上神秘岛的冒险旅程。