天涯织女的大结局中，林慕飞和巧儿是否在一起存在不同的说法。
一种说法称，巧儿单身了很长时间，直到最后巧儿和林慕飞走到了一起。虽然中间有些波折，但最终两人还是克服了困难，走到了一起。
也有说法称，巧儿和方宁结婚，但方宁为了救巧儿而死。巧儿发现她爱的还是方宁。巧儿把织布发扬光大。林慕飞和嘉仪在了一起，宋朝灭亡后，嘉仪放弃公主身份，陪林慕飞一起杀敌，林慕飞最后终于被公主的付出所感动，两人隐居山林。
以上信息仅供参考，建议观看电视剧《天涯织女》以了解大结局。

《天涯织女》的大结局中，林慕飞和巧儿没有在一起。

在电视剧《天涯织女》的最后，林慕飞为了帮助赵嘉仪解脱困境，与她结为假夫妻。而巧儿则成为了受人敬仰的织女，她用自己的智慧和勇气，成功地解决了许多困难，并为国家和人民做出了贡献。

虽然林慕飞和巧儿之间仍然有着深厚的感情，但由于各种原因，他们最终没有在一起。